Celem utworzenia ekologicznej sieci jest ochrona różnorodności biologicznej na terytorium krajów członkowskich Unii Europejskiej, ma ona uzupełniać systemy krajowe i dawać merytoryczne podstawy do zachowania dziedzictwa przyrodniczego w skali kontynentu. Obszar Natura 2000 może obejmować część lub całość obszarów i obiektów objętych innymi formami ochrony przyrody w rozumieniu ustawy z dnia 16 kwietnia 2004 r.

Program Natura 2000 opiera się na dwóch formach ochrony tzn.:

§  Obszary Specjalnej Ochrony (OSO) – wyznaczane w celu ochrony lęgowej ptaków (tzw. Dyrektywa Ptasia) - Dyrektywa Rady 79/409/EWG,

§  Specjalne Obszary Ochrony (SOO) – wyznaczone w celu ochrony siedlisk (tzw. Dyrektywa Siedliskowa) – Dyrektywa Rady 92/43/EWG

Zgodnie ze znowelizowaną ustawą o ochronie przyrody z 16 kwietnia 2004 r. dla obszaru Natura 2000 Regionalny Dyrektor Ochrony Środowiska sporządza i ustanawia w formie zarządzenia plan zadań ochronnych na okres 10 lat; pierwszy projekt może powstać w terminie do 6 lat od dnia zatwierdzenia obszaru przez Komisję Europejską. Plan zadań ochronnych podlega uzgodnieniu z Dyrektorem Regionalnej Dyrekcji Lasów Państwowych. Dla obszarów tych ustawa przewiduje również sporządzenie obszerniejszego opracowania tzn. planu ochrony z 20 letnim okresem obowiązywania.

Na terenie Nadleśnictwa wyznaczono następujące obszary w ramach sieci Natura 2000:

OSO Dolina Pilicy PLB140003 – obszar powołany na podstawie Dyrektywy Ptasiej rozporządzeniem Ministra Środowiska z dnia 21 lipca 2004 r. w sprawie obszarów specjalnej ochrony ptaków Natura 2000 (Dz. U. Nr 229, poz. 2313 oraz z 2007 r. Nr 179, poz. 1275). Obszar ten obejmuje swoim zasięgiem dolinę Pilicy o szerokości 1-5 km. Rzeka na tym odcinku przyjmuje charakter meandrujący, tworząc liczne wysepki, łachy i ławice piasku oraz starorzecza. Charakter rzeki oraz przyległych terenów zróżnicowanych ekosystemowo: tereny rolnicze, zarośla łozowe, torfowiska, obszary leśne od boru świeżego przez lasy łęgowe do olsów, stwarzają zróżnicowane warunki dla gniazdowania i przebywania wielu gatunków ptaków. Jednym z cenniejszych kompleksów leśnych położonych w zasięgu tej ostoi są lasy „Majdan".

W standardowym formularzu danych stwierdzono, że na terenie ostoi występuje co najmniej 32 gatunki ptaków z Załącznika I Dyrektywy Ptasiej, 11 gatunków z Polskiej Czerwonej Księgi Zwierząt. Stwierdzono 56 lęgowych gatunków ptaków związanych z siedliskami wodnymi i błotnymi.

Gatunki ptaków wymienione w Załączniku I Dyrektywy Rady 79/409/EWG wg. Standardowego Formularza Danych, których występowanie stwierdzono na terenie OSO: bąk, bączek, bocian czarny, bocian biały, trzmielojad,bielik, błotniak stawowy, błotniak łąkowy, orlik krzykliwy, kropiatka, zielonka, derkacz, żuraw, batalion, rybitwa rzeczna, rybitwa białoczelna, rybitwa białowąsa, rybitwa czarna, puchacz, lelek, zimorodek, dzięcioł zielonosiwy, dzięcioł czarny, dzięcioł czarny, lerka, świergotek polny,podróżniczek, jarzębata, muchołówka mała, gąsiorek, ortolan, cietrzew.

Zagrożeniem dla charakteru doliny, w tym podmiotów ochrony jest obserwowane obniżanie się poziomu wód gruntowych i związane z tym zmiany wilgotnościowe siedlisk, na skalę zjawiska bez wątpienia miało wpływ wybudowanie Zalewu Sulejowskiego, który ograniczył w znacznym stopniu przepływ wody. Dla wielu gatunków ptaków niekorzystne zmiany środowiska związane są również z zaprzestaniem użytkowania łąk, pastwisk i sukcesywne wkraczanie roślinności krzewiastej i drzew.

OSO Dolina Środkowej Wisły PLB140004 – obszar powołany na podstawie Dyrektywy Ptasiej rozporządzeniem Ministra Środowiska z dnia 21 lipca 2004 r. w sprawie obszarów specjalnej ochrony ptaków Natura 2000 (Dz. U. Nr 229, poz. 2313 oraz z 2007 r. Nr 179, poz. 1275). Obszar ten nie obejmuje gruntów Skarbu Państwa zarządzanych przez Nadleśnictwo Dobieszyn, a jedynie częściowo znajduje się w jego zasięgu terytorialnym.

Ponadto na terenie Nadleśnictwa występuje obszar mający znaczenie dla Wspólnoty:

SOO Dolina Dolnej Pilicy PLH 140015 – zatwierdzony przez Komisję Europejską . Swoim zasięgiem pokrywa się zasadniczo z OSO Dolina Pilicy, jednak na nieco mniejszym obszarze. Wyznaczony został w celu ochrony siedlisk przyrodniczych wymienionych w Załączniku I Dyrektywy Siedliskowej, a także gatunków zwierząt określonych w Załączniku II. W standardowym formularzu danych dla tej ostoi wyszczególniono 10 siedlisk przyrodniczych, w tym 4 leśne. Ponadto 2 gatunki ssaków, 1 gatunek płaza, 8 ryb i 1 owada z Załącznika II Dyrektywy Rady 92/43/EWG. Nie stwierdzono występowania gatunków roślin tzw. „naturowych".

Na podstawie Standardowego Formularza Danych na terenie SOO wyszczególniono następujące:

-siedliska przyrodnicze:

3150 starorzecza i naturalne zbiorniki wodne ze zbiorowiskami z Nympheion, Potamion - 1,00%;

4030 suche wrzosowiska - 0,50%;

6120 ciepłolubne, śródlądowe murawy napiaskowe - 0,50 %;

6410 zmiennowilgotne łąki trzęślicowe - 1,00 %;

6510 niżowe i górskie świeże łąki użytkowane ekstensywnie - 0,50 %;

7140 torfowiska przejściowe i trzęsawiska - 0,05 %;

9170 grąd środkowoeuropejski i subkontynentalny - 8,00 %;

91E0 łęgi wierzbowe, topolowe, olszowe i jesionowe  - 10,00 %;

91F0 łęgowe lasy dębowo-wiązowo-jesionowe - 5,00 %;

91I0 ciepłolubne dąbrowy - 7,00 %;

Razem:33,55 %

-ssaki: bóbr europejski; wydra;

-płazy: kumak nizinny;

-bezkręgowce:  zatoczek łamliwy;

Aktualnie do Komisji Europejskiej zgłoszono jeszcze jeden obszar Natura 2000 w ramach realizacji Dyrektywy Siedliskowej tj.: SOO Łękawica PLH 14_09 – zgłoszony do Komisji Europejskiej 28 października 2009 r. Obszar ten obejmuje obniżenie wypełnione torfem, porośnięte mozaiką lasów łęgowych, olsów, zarośli i łąk. Stwierdzono tu występowanie 4 siedlisk przyrodniczych, w tym dominujące 91E0 -łęgi wierzbowe, topolowe, olszowe i jesionowe. Ponadto z załącznika II Dyrektywy Siedliskowej opisano w standardowym formularzu danych: 5 gatunków ptaków, dwa gatunki ssaków, 1 płaza, 2 gatunki bezkręgowców. Najważniejszym zagrożeniem dla funkcjonowania obszaru jest zaburzenie stosunków wodnych oraz zaprzestanie ekstensywnego użytkowania łąk i pastwisk.

W Standardowym Formularzu Danych wymieniono następujące:

-siedliska przyrodnicze:

6410 zmiennowilgotne łąki trzęślicowe - 4,48 %;

6430 ziołorośla górskie i ziołorośla nadrzeczna - 0,37 %

6510 niżowe i górskie świeże łąki użytkowane ekstensywnie - 22,64 %;

91E0 łęgi wierzbowe, topolowe, olszowe i jesionowe - 46,05 %;

Razem: 73,54 %

-ssaki: bóbr europejski; wydra;

-płazy: kumak nizinny;

-bezkręgowce: modraszek nausitous, czerwończyk fioletek;

ponadto:

-gatunki ptaków wymienionych w Dyrektywie Ptasiej: bocian czarny; bielik, derkacz, żuraw, dzięcioł średni.